В XXI столетии до нашей эры при фараонах XI династии Среднего царства культ Амона сблизился с культом бога войны Монту, одного из главных божеств-покровителей этой династии; с возвышением XII династии Амон вытесняет Монту, приобретая государственный характер, его отождествляют с гелиопольским богом солнца Ра (Амон-Ра-Монту), однако имя Амона-Ра встречается уже в Текстах пирамид во времена Древнего царства. Именно как Амон-Ра он становится общеегипетским божеством.

Позднее Амон приобрел статус любимого и особо почитаемого бога фараонов, и во времена Восемнадцатой Династии фараонов был объявлен главой египетских богов. Амон-Ра даровал победы фараону и считался его отцом. Амон почитался и как мудрый, всеведущий бог, "царь всех богов", небесный заступник, защитник угнетенных ("везир для бедных").

В эпоху Нового царства сложились представления об Амоне как о боге, составляющем наряду с Птахом и Ра божественную триаду и одновременно являющемся единым богом, воплощая в себе всех других богов, в том числе самих Птаха и Ра. Амон — бог-творец всего сущего, владыка мира, в нем невидимо существуют все боги, люди и предметы, правящий фараон — сын Амона от брака с царицей-матерью. В период с 1075 по 945 год до нашей эры, когда Египет управлялся фиванским жречеством, Амон превратился в самое почитаемое божество, его культ распространился далеко за пределы страны, в Ливии и Куше (Нубия). Воцарение XXV (Кушитской) и XXII (Ливийской) династий, завоевание Египта ассирийцами в 671-663 годах до нашей эры, завоевание Египта персами в 525-332 годах до нашей эры не поколебали позиций Амона, но центр его культа был перенесен жрецами в город Танис, древнюю столицу Египта в дельте Нила.