На шестом году правления Эхнатон переносит столицу страны из Фив, центра оппозиционно настроенного жречества Амона, в основанный им на земле, не посвященной никакому другому божеству, «великий очарованием, приятный красотой для глаз» город Ахетатон и клянется вместе с Нефертити никогда не покидать столицы, объявленной священной обителью Атона. Несмотря на то что на плитах, отмечающих границы Ахетатона, упоминается ряд египетских божеств во главе с Амоном, вскоре запрещается культ Амона, его жены Мут и их сына Хонсу (фиванская триада богов). Около 1356 года до нашей эры Атон окончательно провозглашается единственным богом, и вскоре начинаются преследования почитания всех других богов и культов, прекращается строительство храмов, искореняются сами слова «бог» и «боги» — даже Атон именуется не иначе как «властитель».

Эхнатон был даже автором гимна Атону. Гимн найден на стенах гробницы приближенного фараона Эхнатона, Эйе, который сам стал фараоном на короткое время после смерти Эхнатона. В его правление культ Атона еще поддерживался, но уже при Тутанхамоне и Хоремхебе были возвращены старые культы, а религиозная реформа Эхнатона была полностью отменена. Но, по-видимому, культ Атона при Эхнатоне привел к развитию монотеистических тенденций, которые прослеживаются и в культе Амона-Ра в XIV-XII веках до нашей эры.

Первое письменное упоминание об Атоне встречается в «Повести о Синухе» (XII династия), где описывается как умерший фараон, восходя на небеса, сливается с солнечным диском, его лучами. Атон считался благим богом — создателем и защитником мира и всего живого, изображался в виде солнечного диска с лучами, которые заканчивались кистями рук, держащими знак жизни анх, символ того, что жизнь людям, животным и растениям дана Атоном. Считалось, что бог-солнце присутствует в каждом предмете и живом существе.