Считалось, что в озере, примыкавшем к главному святилищу Себека, содержался крокодил Петсухос, как живое воплощение бога. Почитатели Себека, искавшие его защиты, пили воду из озера и кормили крокодила деликатесами. Во II тысячелетии до нашей эры многие цари называли себя Себекхотеп, то есть "Себек доволен". Полагают, что древние воспринимали Себека как главное божество, дающее плодородие и изобилие, а также защитника людей и богов.

Согласно некоторым мифам, бог зла Сет укрылся в теле Себека, чтобы избежать наказания за убийство Осириса. Себека иногда считают сыном Нейт, великой матери богов, богини войны, охоты, воды и моря, которой также приписывают рождение ужасного змея Апопа.